سایت آزمون دکتری ‌( www.PhdAzmoon.Net ) – معاون پژوهش و فناوری وزارت علوم گفت: مالیات طرح‌های پژوهشی فعالیت موثر شرکت‌های دانش بنیان را تحت الشعاع قرار می دهد.
وحید احمدی معاون پژوهش و فناوری وزارت علوم در گفت وگو با خبرنگار حوزه دانشگاهی  گروه علمی پزشکی باشگاه خبرنگاران جوان،گفت: هرچند که شرکت‌های دانش بنیان در ابتدای کار از مالیات معاف هستند اما مالیات طرح های پژوهشی، آنها را تحت تاثیر قرار داده،چرا که کار تحقیقاتی باید به محصول تبدیل شود.
وی ادامه داد: در واقع با توقف اکثر طرح‌های پژوهشی به دلیل مالیات، در کار شرکت‌های دانش بنیان اختلال ایجاد می شود.
احمدی این موضوع را به دلیل اندک ناهماهنگی در تصویب قانون جدید معافیت‌های مالیاتی دانست و بیان کرد: شرکتهای دانش بنیان تا ۱۵ سال از پرداخت مالیات معاف هستند.
معاون پژوهش و فناوری وزارت علوم درباره پرداخت مالیات شرکت های دانش بنیان بعد از تاریخ مقرر اظهار داشت: قانون بدین صورت است که تا ۱۵ سال به منظور شکل گیری و تقویت، این شرکت ها مالیات نپردازند و بعد از این زمان مطابق شرکت های عادی مالیات دهند.
وی یادآور شد: طبیعتا شرکت های دانش بنیان بعد از ۱۵ سال به دلیل سابقه کاری نیازی به کمک دولت ندارند و باید مالیات دهند.
به گزارش پی اچ دی آزمون به نقل از خبرنگار باشگاه خبرنگاران جوان، دستورالعمل اجرایی فصل معافیت‌های مالیاتی و گمرکی،  درآمد مشمول مالیات شرکت‌ها و موسسات دانش بنیان ناشی از قراردادها و فعالیت‌های تحقیق و توسعه، تجاری‌سازی و تولید محصولات و خدمات دانش بنیان در حوزه فناوری‌های برتر و با ارزش افزوده فراوان توسط همان شرکت‌ها و موسسات دانش بنیان به مدت ۱۵سال پس از تاریخ صدور مجوز برای هر شرکت یا موسسه دانش بنیان از مالیات موضوع ماده ۱۰۵ قانون مالیات‌های مستقیم و از پرداخت عوارض، حقوق گمرکی، سود بازرگانی و عوارض صادرات معاف است.