پژوهشکده گیاهان دارویی جهاد دانشگاهی در مهر ماه سال ۱۳۷۷ آغاز به کار کرد و در ۲۰ تیرماه سال ۱۳۸۰ به عنوان مرکز تحقیقات گیاهان دارویی جهاد دانشگاهی به تصویب شورای گسترش دانشگاه‌های علوم پزشکی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی قرار گرفت. در حال حاضر این پژوهشکده در چهار گروه پژوهشی «بیوتکنولوژی»، «فارماکولوژی»، «فارماکوگنوزی» و «کشت و توسعه» و یک مرکز خدمات تخصصی در زمینه‌های مطالعاتی مرتبط از قبیل شناسایی، کشت و به‌زراعی، بیوتکنولوژی، آنالیز مواد موثره گیاهی و فرمولاسیون فعالیت دارد.